針對有航商指受限於兩岸直航法規，致使來台灣的貨櫃減少一事，航港局強調，從交通部「兩岸海運直航貨櫃裝卸量概況」，顯示從九十八年為一百五十六萬六千八百六十萬(TEU)，之後逐年遞增，到去(一○五)年已達二百五十四萬六百八十(TEU)，因此並無外界所指台灣各港口貨櫃量變少情形。 航港局針對日前國內航商指受限於直航法規，反映船舶停靠台灣越來越少，公布交通部統計查詢網的「兩岸海運直航貨櫃裝卸量概況」統計，顯示自九十七年十二月十二日初訂《台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法》後，從民國九十八年至一○五年，依序為一百五十六萬六千八百六十萬(TEU)、一百九十一萬七千七百三十一萬(TEU)、一百九十六萬四千七百一十八萬(TEU)、二百一十三萬七千八百二十四(TEU)、二百二十六萬六千零二十六(TEU)、二百四十七萬八千五百四十二(TEU)、二百五十萬七千零二(TEU)、二百五十四萬零六百八十(TEU)，顯示我國各港口總計來自大陸的貨櫃量，近八年來呈現逐年遞增的情形。 航港局航務組副組長陳一平指出，除了數字證明我國七大港口來自對岸的貨櫃量逐年遞增，在《台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法》中第四條亦有規定，只要是台灣地區與大陸地區海上客貨直接運輸的船舶，且資本在台灣或大陸地區在兩岸或香港登記的航商皆一體適用，同條文也規定外國船舶經兩岸政府許可，也能航行於兩岸各港口。陳一平表示，航商會覺得貿易量變少，應是受大環境影響。